音乐所以有治疗疾病的作用，是因为音乐对人的心理状态和身体状况能起到某种特殊的作用。这种作用是通过心理作用和物理作用来实现的。
    在心理作用方面，音乐能直接影响人的情绪和行为。我们知道，音乐有各种不同的节拍、节奏，人体也具有各种生理节奏，如脉搏、呼吸等，它们之间如果配合好了，音乐就可以调节生理节奏。又因为人体对于音乐节奏具有明显的跟随本能，音乐节奏的快慢还可以带动肢体动作的节奏，民歌中的“号子”就可以体现出这种作用。作为一种治疗手段，音乐的作用可通过艺术感染力作用于心理，以情导理，既能增强人体的抗病能力，又可以消除精神上的阻滞。节奏鲜明的音乐能振奋人的情绪，如军乐曲、进行曲，一般都具有鲜明的节奏感可以使人兴奋、激动、热血沸腾；旋律优美悠扬的乐曲，则能使人情绪安静和轻松愉快。另外，音乐还可以通过音调影响人的情绪。这种现象早在古希腊就已经被注意到了。他们认为，E调安定，D调热烈，C调和缓，B调哀怨，A调高扬。
    我们知道，人的情绪活动不仅与大脑皮质有密切关系，而且与人的内分泌系统、自主神经系统、下丘脑和大脑边缘系统有着更为密切的关系。大脑边缘系统是调整和支配人内脏器官活动的最高中枢。这样，引起人们轻松、愉快、舒适和欢快的音乐，就能改善和加强大脑皮质、大脑边缘系统和自主神经系统的功能，从而更好地控制和增进人体各种内脏器官系统的正常活动。然而，音乐治疗并不是单纯地从欣赏中取得疗效的，它是作为一种活动来达到治疗效果的。因为音乐的乐曲本身是一种结构，是一个由各种音符组成的、有实践性的、有规律的组织。患者要参加音乐治疗的活动就要学习，要从头至尾地注意乐曲的全貌。这样，患者就必须集中注意力并作出一定的努力，也就是通过音乐的活动训练患者专心致志的精神和集中注意力的能力，而许多患者，特别是精神病和神症患者，恰恰缺乏这种能力。同时，音乐活动还能培养患者掌握或者恢复一些新的技能，如通过演唱掌握各种乐曲的旋律、音调、节奏、和声，以及与人协调一致的能力等；通过乐器演奏掌握各种乐器的性能、演奏方法和相互配合的能力等；这样就可以促使患者增加生活乐趣和了解生活的意义，从而增进对生活的能动性和自信心，有利于身心的健康。
    在物理作用方面，音乐可以通过音响的作用来影响人体的生理功能。声音是声波的振动，是一种物理能量。而音乐则是一定频率的声波振动，它作用于人体内各个振动系统使之产生有益的共振，使各器官节奏协调一致。这种协调一致，是有利于身心健康的重要因素。另一方面，优美的音乐声波作用于大脑，提高神经的兴奋性，通过神经体液的调节，促进人体分泌一些有益于健康的激素、酶与乙酰胆碱等物质，起着调节血液流量，促进血液循环和胃肠蠕动及唾液分泌，加强新陈代谢等作用，从而使人精力充沛，洋溢青春活力。国外用音乐代替麻醉药物做剖腹产和拔牙手术，绝不是单纯靠转移患者注意力或是暗示作用取得效果的。它像针刺一样，具有生理和生化基础。人们对针刺镇痛的机制尚未完全了解，但已发现它与人体内的内啡呔增多有关。因此，乐曲节奏旋律、速度、协调等的不同，就可表现出镇静作用、兴奋作用、镇痛作用、降压作用和情绪调节作用等不同的效果。
    由于音乐能影响人的生理活动、心理活动，特别是情绪的活动，因此，人们就能够用音乐来改善和调节人体的生理和心理功能，从而达到治疗疾病、养生健身、增进健康的目的。