1717年，巴赫生平第一次担任奎登宫廷乐长。由于奎登公爵非常爱好音乐，他甚至在国家支出中抽了三十分之一作为经费组成18个人的乐队。巴赫在奎登宫廷服务了六年，他的重要器乐创作都是这个时期完成的。他献给勃兰登堡侯爵的《勃兰登堡协奏曲》，富于生活气息，也具有骄傲、华丽的贵族性格。此外，他还写了《半音阶幻想曲与赋格》、为独奏小提琴用的三首奏鸣曲、三首“帕蒂塔”(Partita)等。另外在1721年，巴赫写了C大调、d小调的管弦乐组曲、法国组曲;1722年写了《平均律钢琴曲》上集，1723年写了两部和三部创意曲等等。这一时期的创作，被认为具有广阔和大胆的思想和技术手法。

巴赫在1723年到了莱比锡这个繁荣的商业城市，在当时也是自由的都市，在法制上可以不受理那里的萨克森公爵的统辖。在那里他演奏了一首自创的教会康塔塔，使该市的议员们听了非常饮佩，因而获得了圣·汤姆士教会的乐长工作。此外，他还作其他三个教会的音乐指导。这期间，他为教堂写了许多很好的音乐作品，如有名的《约翰受难曲》、《马太受难曲》等。此外，为了谋得宫廷作曲家的职位，他曾写了一部伟大的作品《b小调弥撒》。这部作品与《约翰受难曲》、《马太受难曲》一样，虽然是宗教作品，但是其音乐精神的如此广阔，就像是在面向全人类说话，已经远远超过了宗教的局限。

从某种意义上可以说，巴赫的成名有赖于他的受难乐。受难乐所表现的耶稣的悲剧性经历，不仅具有某种史诗性，同时也是现实生活情感的表现。这种宗教音乐，所表现的悲哀、沉重、压抑的感情，应当说是只有当时的德国人才是具有感情。这种感情，从我们能够听到的，也只有德国人写的最深。当然，由于巴赫本人是新教徒，而宗教显然是他的精神寄托之处，所以这种情感的表现，就很难与某种宗教感情分开来。只是巴赫在受难乐中创造的宗教气氛，已不是一般意义上的，而是能够体验到当时某种社会情感和心态的宗教气氛。甚至巴赫本人也已经在其中充当了一个感情力量充沛的角色，通过他自己的音乐表达，时而抒情的刻画耶稣悲剧性经历中的细节，时而展开史诗般的广阔和宏大。以至于当时莱比锡的听众抱怨教堂竟然上演了像歌剧一样的作品。

巴赫在《马太受难曲》中，用两组合唱，两组管弦乐，戏剧性地对立起来，而让圣咏的主题在它们之上自由飘荡。这部作品也具有很强的抒情性，作品的结束合唱非常有力量，使用两个合唱队、八个声部，描写耶稣下葬时人们的感情。宽厚的低声部，恰似广阔的河床，旋律在上面奔流。保持着复调音乐的感觉，而庞大的合唱自由宽广地歌唱着，充满着力量：

甚至在他的器乐作品，例如《半音阶幻想曲和赋格》、《d小调托卡塔赋格》，也能感受到一种冲破束缚、有冲击力的情感表现。其中如《d小调托卡塔赋格》曲调的自由豪放，旋律线的幅度大，音域宽，似朗诵性调的起伏，动荡不安，充满激奋情感。而《半音阶幻想曲赋格》更倾向于内心，不求表面的壮丽，而是富于内心的刻画，有较强烈的表现。

由于德国宗教是德国音乐的土壤，历史上德国宗教管风琴音乐也很发展，所以在巴赫的创作中，仍然保持着复调音乐的典型性，并且起着主导性的作用。但是，这种复调音乐思维方式，恰恰是在主调和声音乐发展到相当水准基础上建立起来的复调音乐思维方式，它并不同于过去带有教会调式痕迹的复调音乐。仔细分析，其中有清晰的和声结构与功能。从另外一个角度看，可能正是巴赫在复调音乐领域集大成的做法，终将其发展到完美的地步。

从音乐的旋律特征上讲，由于他的音乐是多声部，因此模仿手法是重要的，结果因造成音乐连绵不断的交织、发展，但却欠缺后来古典派的方整、段落分明和结构上清晰。而这却正是巴赫的特性，显然，我们是不能用乐句、乐段去分析巴赫的。此外，从和声的发展来看，大、小调功能体系和声是巴赫最后确定、成型的。即使到了18世纪中叶为止，在当时和声所能达到的基础上，其成果是要归功于巴赫，他甚至被贝多芬称之为“和声的创造者”。