汉代董仲舒提出“罢黜百家，独尊儒术”，开中国2000余年的儒学正统之先声。随着以孔子为代表的儒家学说的社会地位上升，琴也受到了社会的极大尊崇。琴学的正统地位，一方面使得先秦各种活跃的琴学思想逐渐凝固为儒学教条，另一方面，也使两汉时期古琴艺术在理论的总结方面，取得了较大的成就。比如东汉琴家桓谭所著《新论》中《琴道篇》，蔡邕所著《琴操》等。

　　汉代琴论中关于礼乐关系，《新论·琴道》记载有“琴之言禁也，君子守以自禁也。……八音广博，琴德最优，古者圣贤玩琴以养心”，《风俗通义·声音·琴》中有“雅琴者，乐之统也，与八音并行。然君子虽在穷 闾陋巷、深山幽谷犹不失琴。”《琴操·序首》有“昔伏羲氏作琴，所以御邪僻，防心淫，以修身理性，反其天真也”等。汉代的琴论继承发展了《左传》中乐论的观点，提高了古琴在八音中的地位。明确说明音乐的使用要合于礼，强调作为文人修身养性的琴乐，其目的就在于端正人心，禁止“淫邪”等不合礼的观念和行为。

　　汉代琴论中的礼乐思想影响了以后的两千余年。音乐和政治的关系，是汉代琴论突出强调的问题之一，在这一时期的文献有不少记载。《史记》、《新论》、《淮南子》有大量篇幅加以论述，说明音乐对治国的重要性。这一时期的琴论中还涉及到音乐和自然的关系，比如《新论·琴道》记载，“昔神农氏继宓羲而王天下，上观法于天，下取法于地，近取诸身，远取诸物……”。说明古琴的产生取之天地，和自然有着紧密的联系，把古琴形制附会于自然天象，视其为效法天地而作。蔡邕《琴操》也持相同观点：“琴长三尺六寸六分，象三百六十日也。广六寸，象六合也……上圆下方，法天地也”。这些琴论反映了作者追求天人合一的思想。《淮南子·泰族训》所载“神农之初作琴也，以归神杜淫，反其天心”；蔡邕《琴操·序首》记载“昔伏羲氏作琴，所以御邪僻，防心淫，以修身理性，反其天真也”。两段琴论中提到的“反其天心”、“反其天真”，借用了道家的观点阐明音乐要返璞归真、回归自然本性的观点。这在当时独尊儒术的环境下，与“琴者，禁也”的主流言论相比，对古琴音乐的发展有着积极的意义。