由干明清时期古琴曲的传谱较多，同一琴曲、琴歌可有数种至数十种谱本流传，而不同谱本在乐曲风格、演奏指法、学术价值及编纂者水谁等方面均有一定差异，因而，选择一个合适的谱本就显得尤其重要。如明初朱权编纂《神奇秘谱》，花了整整12年的时间，是现存最早的古琴谱集，具有很高的史料价值。上卷“太古神品”十六曲，从其减字形式研究分析，参照谱内各曲的解题，可以证明多为唐、宋间遗留下来的原写曲谱。而中、下卷“霞外神品”，其中不少琴曲源自宋代浙派琴家杨瓒所编《紫霞洞谱》，且谱中不少琴曲在元明之际得到时人的不断加工，因而对于研究宋元时期浙派琴学风格及元明之际古琴的发展，具有一定的价值。又如明人汪芝所辑的《西麓堂琴统》，是现存明代各种谱集中，收曲最多的一部传统曲谱，其中大部分是“极为罕见的远年遗响”，如《神人畅》《广陵散》《间弦明君》《风云游》等。选择这些古曲进行打谱，对于研究汉魏六朝以来琴曲创作的艺术规律，或者作为鉴定琴曲创作时代的依据，均具有相当重要的意义。
除了同一琴曲可有不同的谱本，同一琴谱也有不同的刻本与刊本。如《碣石调幽兰》有原日本神光院收藏的“神光院本”和1884年“古逸丛书”中收人“古逸本”。后者作为前者的摹刻本，显然有诸多误刻失实之处。又如现存清代琴谱中流传最广的一部琴谱《五知斋琴谱》。该谱历来屡经翻刻，故版本甚多。其中，以清康熙原刻精印本为最佳。其他版本如乾隆时翻刻本及民国时期的石印本等，则稍差。由于已版《琴曲集成》，对所收琴谱的版本，已进行了筛选鉴别，打谱者可以此为据。
另外，琴谱在刊印流传的过程中，难免会存在着版误、谱误、笔误等，需打谱者参照其他谱本进行校勘注释、仔细研究。