传统古琴谱一般没有明确的节奏标记，这也是打谱者遇到的一个关键问题。
其实，“古琴曲发展到明代末年，已有要求在指法之外另外记出拍板的倾向”。明末南海琴家陈子升所作的琴曲《水东游》，已开始在谱内用了些当时词曲记拍子的符号。另一位琴家尹尔韬在明万历间即有琴名，到明亡之际，他是崇祯帝朱由检的内翰。在他所编的琴谱《徽言秘旨》中，“除句读之外，有些乐句加了‘瓜子点’, 这又是一种要在谱中记出拍板的发展倾向”。但到清代，古琴在创作和记谱方面大兴复古保守之风，甚至尹尔韬的学生孙拴在三十年后给他订谱时，竟把一部分记拍的“黑瓜子点”也割弃了！
至清末道光元年（1821)，浙江会稽琴人王仲舒编《指法汇参确解》，其中所收琴曲11首都是点了拍的，并有《平沙落雁》和《潇湘水云》两个工尺谱的实例。对此，查阜西曾评价他的这种“直指读谱法”, “是对琴谱这种特殊形式，另倡简易读法，开了清末民初杨时百等唱弦法的先河”。道光二十五年（1845), 一个“年登大耋”的老人，在海陵写下了一本琴谱稿本，这就是《张鞠田琴谱》。撰者强调自己按“时曲”推广工尺拍眼，为古琴谋取“准则”。某些琴曲来源于昆曲，均按昆曲谱形式注明工尺的拍眼，所有传统琴曲，也均注工尺，但多不点拍眼。继他之后，祝桐君、张鹤、杨宗稷等人，也陆续采用了工尺谱点拍。不过，直到百年之后，仍有许多琴家对此抱有强烈的反感。
由于古代琴谱的没有点板，造成今日打谱的需要。不过琴谱中所记录的演奏动作，在实际进行中往往形成有规律的时间间隔，产生一定的节奏逻辑，体现出某种具有必然性的律动来。实际上，这等于间接地、局部地贮存了原曲的节奏信息。但琴谱中所间接贮存的节奏信息毕竟是局部的，尚有许多地方需要打谱者自行揣摩。对此，打谱者可根据自己积累的传统曲目中的节奏节拍范例，和个人丰富的音乐语汇，通过反复弹奏、体会、分析，为打谱琴曲定出节奏节拍的框架。相近的师承、风格或较一致的对乐曲的理解，对琴曲的节奏与韵律的处理，往往会大同小异。而另一方面，由于不同的打谱者的个性、气质、风格、修养等主观因素的介入，使同一谱本产生多种不同的风貌。
如琴曲《酒狂》，姚丙炎用三拍子打谱。但这是否合适？那个时代的音乐是否会是这个样子？许多人有疑问。黄翔鹏认为，“这里的三拍子不是欧洲圆舞曲的那种三拍子，而是把第二拍加强，用轻重颠倒的节拍来表现酒后感觉，还是可以的”。而龚一是把《酒狂》全部处理成散板。又如，20世纪60年代老一辈琴家管平湖、姚丙炎、徐立荪、吴振平共同对古逸本《碣石调幽兰》进行了打谱，其节奏处理与演奏风格亦是各不相同。