古琴音乐保存了很多古代的遗声。琴曲的打谱不仅将向人们展示出琳琅满目、丰富多彩的古代琴乐作品，为继承发展传统音乐提供了生动的实例。并且对于更深入地研究中国古代音乐史以及古代调性、调式、音阶、律制的生成、变化与发展，有着十分重要的意义。
早在唐代，就有“唯弹琴家犹传楚汉旧声”的说法。黄翔鹏亦曾指出：“古琴音乐对中国音乐史来说，类似钢琴文献对于欧洲音乐史的意义。因为它在历史上实际上曾吸收、保存汉魏清商乐、南北朝隋唐俗乐大曲和唐宋以来诗、词乐的某些精华。”近几十年来，对《广陵散》《离骚》《大胡笳》《古怨》等众多琴曲的打谱，印证、修正或补充了音乐史学研究中的许多论题。
比如，汉代的相和歌是中国古代音乐史中值得重视的一种音乐形式，但隋唐以来，这些被视为“华夏正声”的“中朝旧曲”，相继湮没无闻。但是，它们的一些曲调，却继续流传在琴曲之中。唐显庆二年（657) ，太常承吕才曾“依琴中旧曲”，填以《白雪》歌辞而“著于乐府”，就是这种情况的一例。
现存《神奇秘谱》中的琴曲的《广陵散》，虽屡经后人加工，与汉魏原曲已有一定距离。但是，仔细分析起来，可以发现它还是保留着汉代《广陵散》的某些特点。如《广陵散》，分“大序——正声——乱声（契声）”三大部分，基本上与汉代相和大曲“艳——曲——乱（契、趋）”的结构相符合。又如《神奇秘谱》中的《小胡笳》，分为“前叙——正声——后叙”，这三部分与相和大曲的曲式结构也是一致的。
又如，南北朝时的西曲《乌夜啼》早已散佚。但从现有琴曲《乌夜啼》（姚丙炎打谱）来看，似乎还保留着西曲的某些特点。又如，《碣石调幽兰》，也是很有历史价值的音乐文物。不仅它的谱式，是保存文字谱记写指法、弦位的唯一实例，而且它的曲式，也基本保持了汉魏时期大曲中的“四解”，舞曲中的“四章”的体裁，它的曲调、用音都别具一格，与传统汉族音乐明显不同，很可能是保持有古代西北地区民族的音乐风格。
从已打谱琴曲的音阶形式来看，古代琴曲用到了五声音阶以外的其他多种音阶。如《广陵散》在核心五音之外，兼用变徵、变宫、清羽、清角等属于七声音阶的偏音和b3、b2等装饰性的变音。其音阶形式属于与先秦曾侯乙钟相同的传统古音阶。其中，带变宫的六声羽调式的运用，有着独特的色彩效果。
总之，琴曲打谱，对于研究中国传统音乐与文化，具有很高的学术价值。不仅如此，古琴作为保存中国音乐的宝库，琴曲的打谱，也将提供珍贵的资料，给人类学家去探讨人与音乐的关系。而即使是现代的前卫作曲家，也开始不断地从古琴音乐中去寻找灵感、发掘资料，用以丰富新音乐的内容！
古琴的文字谱和减字谱，是人类流传、保存了最多古代音乐文化的工具。由于减字谱的出现，才使中国的古琴音乐成为人类音乐文化遗产中最丰富、最古老、最珍贵的一部分，从这个意义上来说，打谱——正是体现人类音乐的动态构成和生生不息生命本质的一种传承方式！