其次，李贽在论述“琴者，心也”命题时，突破了魏晋以来“丝不如竹，竹不如肉，渐近自然”的传统思想，提出“同一心也，同一吟也”、“心同吟同，则自然亦同”，心殊则手殊，手殊则声殊，手虽不能吟，但“唯不能吟，故善听者独得其心而知其深也”，认为琴乐比人声更近自然，显示他对纯音乐丰富的表现力有深入的认识。孟子曾言“仁言不如仁声之入人深也”，尽管两人立论的出发点不同，但在承认音乐比语言等更能打动人心这一点上倒是一致的。再次，“琴者，心也”的提出是建立在“以自然之为美”的基础上，即表现以自然为美、最近自然为最美，是李贽“童心”说在古琴美学领域的体现。李贽认为“夫童心者，绝假纯真、最初一念之本心也。若失却童心，便失却真心，便失却真人”（《焚书?童心说》）。此童心即人生之初的自然之心，失却了童心，便非真人。由此出发，李贽格外强调人的自然情性，提出“盖声色之来，发于情性，由乎自然，是可以牵合矫强而致乎？故自然发于情性则自然止乎礼义，非情性之外复有礼义可止也。惟矫强乃失之，故以自然之为美声，又非于情性之外复有所谓自然而然也。故性格清澈者音调自然宣畅，性格舒徐者音调自然疏缓，旷达者自然浩荡，雄迈者自然壮烈，沉郁者自然悲酸，古怪者自然奇绝。有是格便有是调，皆情性自然之谓也”（《焚书?读律肤说》）。既然音乐是发于情性，由乎自然，所以就应该表现人之自然情性，而不应束缚于人为的礼义，因为“非情性之外复有礼义可止也”。这种以自然为美、追求古琴自由表达人之各种感情的观点是对道家“法天贵真”思想的继承和发展，是对儒家礼教思想的突破。 

    “琴者，心也”是道家古琴美学思想的重要命题，它的提出使道家古琴美学思想进入更加合理的阶段。此命题认定音乐是一种自由表达人们思想感情的艺术，其根本价值是对情感的表达，而不是封建统治的工具。音乐既然自由表情，就不应对其进行限制，只以“平和”、“淡和”为美，排斥其他音乐，而应自由抒发“情之所激”，诉“发狂大叫，流涕痛哭”等不平之情。“琴者，心也”和儒家“琴者，禁也”形成了鲜明的对立，它是儒道两家音乐思想在古琴论坛上的一次剧烈碰撞，对于古琴音乐的自由发展具有重要意义。受李贽的影响，古琴美学出现了“声以情为母”等命题。清人李渔也在《闲情偶寄》中说:“‘妻子好合，如鼓琴瑟’，‘窈窕淑女，琴瑟友之’，琴瑟非他，胶漆男女而使之合一，联络情意而使之不分者也。”这些思想尽管在当时没有受到应有的重视，有的甚至遭到封建卫道士的围攻，但它们对情感价值的强调、对于古琴音乐的发展具有十分重要的意义。