巴赫是一位多产的作曲家。他的作品包括有将近300首的大合唱曲；组成《平均律钢琴曲集》的一套48首赋格曲和前奏曲；至少还有140首其它前奏曲；100多首其它大键琴乐曲；23首小协奏曲；4首序曲；33首奏鸣曲；5首弥撒曲；3首圣乐曲及许多其它乐曲。总计起来，巴赫谱写出800多首严肃乐曲。
巴赫笃信宗教，是个路德教徒。他希望他的乐曲为教会服务，他的大多数作品都是宗教音乐。在音乐形式上他无意创新，而是把现有的形式推上顶峰。
在约翰·塞巴斯蒂安·巴赫去世后的半个世纪里，他的音乐大体上无人问津（但是值得注意的是那个时代的最伟大的音乐家──海顿·莫扎特和贝多芬极为欣赏巴赫的天赋）。新的音乐风格在发展，巴赫的“旧式”乐曲一时声消音灭。但是1800年以后，人们对巴赫乐曲重新发生了浓厚的兴趣，从那时起，他的声誉和名望与日俱增。在今天这个非宗教的时代里，巴赫远比他在世期间的名望更高。一位两百年前在风格和主题方面都被认为是旧式的作曲家，今天却受到了广泛的颂扬，这确是一件怪事，其原因何在呢？
第一，一般认为巴赫是所有著名作曲家中水平最高的艺术家。他谙熟他的时代的所有音乐形式，并对其中任何一种都能运用自如，达到了炉火纯青的地步。例如他对旋律组合法（同时演奏两种或两种以上不同曲调的方法）在艺术上的精通程度堪称前无古人，后无来者。此外，他的管弦乐作品逻辑性强，变幻多样，主题贴切感人，旋律丰富多姿，因此他愈加倍受赞颂。
大多数严肃的音乐学生感到，巴赫作品结构的深刻性和复杂性比大多数其他作曲家那些更易理解的作品具有更加无穷的魅力。许多偶尔对音乐感兴趣的人认为他是阳春白雪，但是应该指出他的追随者并非少数几个音乐名流，他的唱片可能比除贝多芬以外的任何其他古典作曲家的都要畅销。从长远观点来看，巴赫或贝多芬的作品远比一位风靡一时的“流行”作曲家的作品拥有更多的听众，因为“流行”只不过是昙花一现，倏忽即逝。
巴赫的音乐，可以说是构成欧洲音乐殿堂的一根重要支柱。对于整个巴罗克时期的音乐来说，巴赫的音乐成就，可以说是架在这座殿堂上的圆顶；对于其后的欧洲音乐发展来说，虽然直到19世纪巴赫才具有真正的影响力，但是这种影响力一旦产生，便对欧洲音乐的发展产生了深远的影响。只有当巴赫在新的历史文化背景下具有新的文化意义时，他的音乐作品才对现代音乐具有“启示录”的意义。而对于后人来说，没有研究过巴赫，就不可能理解欧洲音乐；未能深入研究过巴赫的作品，就难以成为一个严谨的、精通其专业的音乐家；若不能透过巴赫音乐纯朴的形式、精练的技巧乃至宗教音乐形式上的“外壳”，体验到巴赫音乐中蕴藏着的很深的思想情感，也就难以透彻地认识巴赫音乐的本质……
在巴赫生活的时代，德国处于政治分列、经济落后的状况，文化艺术暗淡无光。外国的、例如法兰西、意大利、英吉利的文化，在德国占绝对优势，自己的民族文化受到轻视。恩格斯曾形容到，“从那个时候起，棍棒和鞭子就在国内占了统治地位；和整个德意志一样，德意志农民降低到极卑微的地位。”在这样情况下，教堂自然成了人们寄托精神情感的地方。
在德国的图林根州“巴赫们”曾成为音乐家的代名词，这是因为巴赫一族，可以上溯到好几代人，其职业都是一种组成行会的音乐职业，世家相传，他们属于音乐艺人这样一种特殊社会阶层。在领主的宫廷中，巴赫的社会地位是仆役性质的，与厨子列在同一个名册上。他不具有自由音乐家的社会地位，其创作的作品并不能直接成为其经济收入的来源，而是归于领主所有。即使成为托马斯的宫廷乐长，他也很难维持在莱比锡的生活，死后也无遗产，不似贝多芬死后还留有股票。他的作品除了在教堂中，在当时演出也很少，死后长期默默无闻。
他的作品有不少是为统治者写并对其歌功颂德的，但是他不满足于自己屈辱的地位和现状，所以不断地转换他的恩主，寻求能更好发挥自己艺术才能的栖身之处。他甚至说过自己是不得不生活在被人厌恶忌妒的环境中，并且也曾和宫廷、教会中的恩主发生冲突，所以他也有傲慢、倔强的一面。
巴赫1703年曾在阿恩施塔特的教会担任风琴师，同时也为宫廷作曲。从那时起，他写了许多著名的作品。1704年创作的d小调托卡塔，其中具有某种威力，像在用非常有力的语言在说话。在中间转调处，他杰出地运用了许多减七和弦，似狂风一般有力。过去一度有人认为这是其晚期的作品。只是因为他带了后来成为他妻子的妇女到教堂唱歌，被城市议会列为罪状后，就自动辞职了。
1708年他曾在魏玛宫廷任风琴手。这时，虽然他的身份也很低，但是作为一个风琴师，他的地位和名声却逐渐提高。在德累斯顿，巴赫应邀与法国演奏家作即兴演奏的比较竞争，虽然那位法国人跑了，而他却成为德国音乐家和外国人竞争获得第一次胜利的好榜样。
1717年，巴赫生平第一次担任奎登宫廷乐长。由于奎登公爵非常爱好音乐，他甚至在国家支出中抽了三十分之一作为经费组成18个人的乐队。巴赫在奎登宫廷服务了六年，他的重要器乐创作都是这个时期完成的。他献给勃兰登堡侯爵的《勃兰登堡协奏曲》，富于生活气息，也具有骄傲、华丽的贵族性格。此外，他还写了《半音阶幻想曲与赋格》、为独奏小提琴用的三首奏鸣曲、三首“帕蒂塔”（Partita）等。另外在1721年，巴赫写了C大调、d小调的管弦乐组曲、法国组曲；1722年写了《平均律钢琴曲》上集，1723年写了两部和三部创意曲等等。这一时期的创作，被认为具有广阔和大胆的思想和技术手法。
巴赫在1723年到了莱比锡这个繁荣的商业城市，在当时也是自由的都市，在法制上可以不受理那里的萨克森公爵的统辖。在那里他演奏了一首自创的教会康塔塔，使该市的议员们听了非常饮佩，因而获得了圣·汤姆士教会的乐长工作。此外，他还作其他三个教会的音乐指导。这期间，他为教堂写了许多很好的音乐作品，如有名的《约翰受难曲》、《马太受难曲》等。此外，为了谋得宫廷作曲家的职位，他曾写了一部伟大的作品《b小调弥撒》。这部作品与《约翰受难曲》、《马太受难曲》一样，虽然是宗教作品，但是其音乐精神的如此广阔，就像是在面向全人类说话，已经远远超过了宗教的局限。
从某种意义上可以说，巴赫的成名有赖于他的受难乐。受难乐所表现的耶稣的悲剧性经历，不仅具有某种史诗性，同时也是现实生活情感的表现。这种宗教音乐，所表现的悲哀、沉重、压抑的感情，应当说是只有当时的德国人才是具有感情。这种感情，从我们能够听到的，也只有德国人写的最深。当然，由于巴赫本人是新教徒，而宗教显然是他的精神寄托之处，所以这种情感的表现，就很难与某种宗教感情分开来。只是巴赫在受难乐中创造的宗教气氛，已不是一般意义上的，而是能够体验到当时某种社会情感和心态的宗教气氛。甚至巴赫本人也已经在其中充当了一个感情力量充沛的角色，通过他自己的音乐表达，时而抒情的刻画耶稣悲剧性经历中的细节，时而展开史诗般的广阔和宏大。以至于当时莱比锡的听众抱怨教堂竟然上演了像歌剧一样的作品。
巴赫在《马太受难曲》中，用两组合唱，两组管弦乐，戏剧性地对立起来，而让圣咏的主题在它们之上自由飘荡。这部作品也具有很强的抒情性，作品的结束合唱非常有力量，使用两个合唱队、八个声部，描写耶稣下葬时人们的感情。宽厚的低声部，恰似广阔的河床，旋律在上面奔流。保持着复调音乐的感觉，而庞大的合唱自由宽广地歌唱着，充满着力量：
甚至在他的器乐作品，例如《半音阶幻想曲和赋格》、《d小调托卡塔赋格》，也能感受到一种冲破束缚、有冲击力的情感表现。其中如《d小调托卡塔赋格》曲调的自由豪放，旋律线的幅度大，音域宽，似朗诵性调的起伏，动荡不安，充满激奋情感。而《半音阶幻想曲赋格》更倾向于内心，不求表面的壮丽，而是富于内心的刻画，有较强烈的表现。
由于德国宗教是德国音乐的土壤，历史上德国宗教管风琴音乐也很发展，所以在巴赫的创作中，仍然保持着复调音乐的典型性，并且起着主导性的作用。但是，这种复调音乐思维方式，恰恰是在主调和声音乐发展到相当水准基础上建立起来的复调音乐思维方式，它并不同于过去带有教会调式痕迹的复调音乐。仔细分析，其中有清晰的和声结构与功能。从另外一个角度看，可能正是巴赫在复调音乐领域集大成的做法，终将其发展到完美的地步。
从音乐的旋律特征上讲，由于他的音乐是多声部，因此模仿手法是重要的，结果因造成音乐连绵不断的交织、发展，但却欠缺后来古典派的方整、段落分明和结构上清晰。而这却正是巴赫的特性，显然，我们是不能用乐句、乐段去分析巴赫的。此外，从和声的发展来看，大、小调功能体系和声是巴赫最后确定、成型的。即使到了18世纪中叶为止，在当时和声所能达到的基础上，其成果是要归功于巴赫，他甚至被贝多芬称之为“和声的创造者”。
直到1892年，当年轻的门德尔松在柏林首次上演沉睡将近一百年的《马太受难曲》之后，巴赫的艺术价值才被人更多地了解。瓦格纳曾说，巴赫是德国人民在完全黯淡的悲惨世纪中内在精神生活的记载。从德国的历史上看，新教圣咏（Chorale）在德国民歌中占有特殊的地位。而巴赫音乐就是通过新教圣咏将他的作品与德国民族文化结合在一起的。值得一提的是，巴赫曾写过不少世俗康塔塔。在他的《农民康塔塔》中，作品全部采用了民间舞曲及流行的民歌。这是了解巴赫不可缺少的一面。从某种意义上说，在巴赫的音乐中，跳动着的正是德国人民的脉搏，这也正是巴赫音乐的灵魂所在。
J.S.巴赫是一个虔诚的宗教徒，他的音乐大多为表达对主的崇拜，表现主所创造的世界的和谐，表达的不是情感而是信仰。J.S.巴赫认为，世间万物都是上帝之创造、之恩赐，都在上帝的光辉沐浴之下，音乐所要歌颂的是这种上帝创造的和谐，和谐之中对那种上帝之光的仰望。在J.S.巴赫看来，音乐是他通向天国，与上帝对话的云梯。音乐本身就是天堂的奇迹。音乐方式，是通过隐蔽的理性的方式使人感觉上帝的存在。
J.S.巴赫音乐中除那些直接为宗教仪式而创造的管风琴曲、弥撒曲、受难曲、经文歌外，器乐曲往往通过节奏的对比与变化，来表现复杂的均衡关系。通过这种均衡关系而作复调处理，对位、变化，达到一种极丰富的循环。他的音乐，简单的也就是最复杂的，师最基本的点、线、面的复杂变化，接近于数学与逻辑。所以研究巴赫的权威，著名管风琴家施魏策尔认为，巴赫的音乐是一种像宇宙本身一样不可思议的本体现象。
巴赫是近代欧洲最伟大的音乐家，原因有几个：
第一，他把音乐从宗教附属品的位置上解放了出来，使之平民化。音乐不总是歌颂上帝，也歌唱平凡的生命。
第二，他把复调音乐发展成主调音乐，大大丰富了音乐的表现力。
第三，他确立了键盘乐器十二平均律原则。
第四，除了声乐作品外，巴赫奠定了现代西洋音乐几乎所有作品样式的体例基础。
没有巴赫，现代音乐的发展将可能迟缓很多年。
巴赫是德国著名的作曲家，对后来将近三百年整个德国音乐文化及至世界音乐文化产生了深远的影响。然而，这位作曲家的名字“巴赫”（Bach）在德语中却是“小溪”或“涓涓细流”的意思。为此，贝多芬说：“他的名字不应叫小溪（Bach），而应叫大海（Meer）。”是的，正如贝多芬所说的，巴赫的音乐就像是气势磅礴的大海，将德国古典旋律、和声和节奏汇成了音乐的海洋。巴赫的作品深沉、悲壮、广阔、内在，充满了18世纪上半叶德国现实生活的气息。他谱写了许多充满戏剧性因素的大型声乐作品，其中《马太受难曲》、《b小调弥撒》是最有影响的作品。在这些作品中，巴赫作为一个虔诚的新教教徒，通过宗教音乐形式（受难曲、弥撒、经文歌、康塔塔等），抒发了对人类灾难、痛苦的怜悯、同情以及对和平与幸福未来的渴望。与前人的作品相比，巴赫这种充满宗教内容及复调音乐思维的作品更为广阔地揭示了人的内心世界，但同时，他的音乐从来没有脱离德国的音乐传统。《平均律钢琴曲集》是巴赫在“纯音乐”领域留下的重要遗产之一。作为一部具有德意志精神的作品，《平均律钢琴曲集》体现出了那种严谨的德国式思维。另外，巴赫的《法国组曲》、《英国组曲》和六首《勃兰登堡协奏曲》等乐队作品，也都表达了作曲家对和平和美好生活的祈求与渴望。这些作品在德意志民族人民的内心深处激起了强烈的共鸣。因此，人们尊称巴赫为“德国音乐之父”。
巴赫的音乐作品浩如烟海，虽然大部分已散佚，但留下的也不少，约有五百多部。音乐史上作品多产的作曲家也不 乏其人，但一直到今天，在乐坛上能与之相比的人却是寥寥无几。除歌剧外，巴赫的创作涉及当时所有的音乐作裁。其 中以声乐作品最多，作有三百来首宗教大合唱、二十来首世俗大合唱、三部受难曲（取材于《圣经》福音书中关于耶稣受难的记述的声乐曲。）以及清唱剧（内容富于戏剧性和史诗性的大型声乐套曲）、弥撒曲（这是一种天主教里所用的复调风格的声乐会曲。）（其中以《b小调弥撒曲》最著名）、众赞歌（一种教会众人合唱的赞美诗，为混声四部合唱曲。十六世纪以后，被改偏为器乐曲或清唱剧。）等。器乐作品有管风琴音乐、古钢琴音乐、六部《勃兰登堡协奏曲》、四部管弦乐组曲， 以及为一架或数架钢琴而作的钢琴协奏曲、由乐队伴奏的小提琴协奏曲、无伴奏小提琴奏鸣曲、无伴奏大提琴组曲、长 笛奏鸣曲等。
巴赫的音乐作品包罗万，除歌剧外遍及当时所有的音乐领域（这一点叠民亨德尔截然不同，亨德尔成功的道路正是从歌剧起始）。尽管作品中的大部分早已散佚，但仍有500多部保留下来。
其中比较主要的代表作包括：《平均律钢琴曲集》（The Well-Tempered Clavier）、《赋格的艺术》（The Art of Fugue）、《勃兰登堡协奏曲》（brandenburg Concertos）6首、《小提琴协奏曲》两首、《无伴奏小提琴奏鸣曲与组曲》6首、《无伴奏大提琴奏鸣曲与组曲》6首、《法国组曲》、《英国组曲》、《农民康塔塔》（Peasant Cantata）、《咖啡康塔塔》（Coffee Cantata）、《马太受难乐》（Matthauspassion）、《b小调弥撒曲》，等等。